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    PINY Staff 모임 - 둘째날   I. 캠프상상하기 캠프의 진행을 머리 속으로 상상하므로써, 미리 캠프에서 할 일을 생각해보고 준비하며 상황이 발생하였을때 당황하지 않고 대처할 수 있는 요령을 익히는 방법.   1) 캠프시작 (10시부터) 아이들이 캠프에 왔을 때, 전혀 다른 세상에 온 것과 같은 느낌을 주기위해서, 오감을 자극할 수 있는 방법과 상황을 연출한다. 후각 - 아로마 향을 피워 놓는다. (아이들이 좋아 할 수 있는 향이나, 기분을 상쾌하게 하는 향?) 시각 -

두 화일에서 공통적인 것을 뽑는 경우 한 화일은 Import 폴더에, 다른 화일은 Origin 폴더에 놓는다. 윈도우즈 아래 메뉴에서 시작 --> 실행 을 누른 후, 열기 옆에 "cmd"라고 입력 한 후 "확인"을 누른다. 콘솔 창이 뜨면, cd c:\python25 라고 입력한 뒤 엔터를 누른다. python modules\compare.py 라고 입력한 뒤 엔터를 누른다. "Work Finished !!!"가 출력되면, Result 폴더에 결과가 나온다. 결과화일의 화일명은 두 화일의 이름이 "_"로 연결되어 있다. &n

본 내용은 "Agile Development for Bioinformatics(BioXP 2008)" 교육을 받고나서, 한달 동안 연구를 하는 과정에 애자일 방법을 적용해 본 경험을 기록한 글입니다. 전체 적용기간 - 1달 (8월 4일 ~ 29일) 적용 사례 - a. 박사 공개 발표용 자료 만들기. (8월 4일 ~ 14일)        b. 분석과정에 필요한 모든 module 통합 및 리펙토링하기. (8월 18일 ~ 8월 29일)   진행과정 : 사례별로 대략 2주의 기간이 걸

PINY (Powerful Idea jourNY) - 파워풀 아이디어 여행   행사 전반에 관한 기록을 정리. 진행사항, 참고자료등.   ** 혹시 생각나는 것이 있거나, 여기에 기록을 남기고 싶은 분은 이메일로 제게 오픈 아이디를 알려주세요.    제 이메일은 terra19(골뱅이)쥐메일닷컴 입니다.     PINY Staff 모임 - 첫째날 PINY Staff 모임 - 둘째날 PINY Staff 모임 - 상상캠프(토,일요일) PINY Staff 모임 - 마지막날 스퀵 eToy

본 내용은 기년회에서 만난 분들의 이야기를 기록한 글 입니다.   2007년에 이이서 2008년에도 기년회가 열렸다.   테라가 발표한 내용 : 발표 시간이 1분 30초라서, 스프레드 시트에 작성한 내용과는 다르게 새로 준비했다.   안녕하세요. 제 이름은 오태윤이고, 닉네임은 테라입니다. 어제 2008년을 시작할 무렵 처음 일기장에 쓴 글을 읽어 보았습니다. 올해는 대학원 졸업을 준비하는 해였기 때문에, 걱정과 불안에 싸여 있는 상황이였더군요. 지금은 다행히 졸업을 할 수 있게 되었고, 여러가지 상황

OBK 작은 모임 회고 모임 날짜 : 2008년 12월 6일 장소 : 신촌 토즈본점   == 참석자 == terra19 (오태윤) 이태호 ascendo (임원철) yong27 (김형용) 찬찬 (박찬희) krho (노규형) bintriz (배태정) 서채화 이지영 (05李知英) gwlee (이길원)   1. 모임을 시작하며 갑자기 밀어닥친 한파 때문에, 여느 때보다 더 추운 토요일 오후에 OBK 작은 모임을 시작하게 되었습니다. (너무 추워서 못오시는 분들이 계실 줄 알았어요.) 그런데, 예상과는 달리 처음 모임에

이화 시스템 생명정보학 국제 심포지엄 내용   일시 : 2008년 11월 12일 (수) 오후 13:00 ~ 18:00 장소 : 이화캠퍼스복합단지(ECC) B142호   << Session 1 >> Session 1에서는 주로 단백질 구조와 관련된 내용이라서 (게다가 영어 ㅠ ㅠ) 내 지식으로는 많은 부분에서 이해하기가 힘들었다.   William A. Goddard 였는데, Caltech에 계시고 단백질을 3차 구조 예측에 대하여 많은 논문을 내셨다고 한다. 제목은 "Predicte

   영어 논문 작성법   How to write medical and scientific papers Biomedical paper writing course Appendix     글쓰기 훈련 방법 최초 2주 - 옮겨적기 단계 (문단단위로 읽고 안보고 그대로 옮겨적기) 2~3주 - 요약 단계 (문단단위로 읽고 요약하기) 2~3주 - 비평/창작단계 (문단단위로 읽거나 전체 아티클을 읽고 글에 대한 평가를 하거나 같은 소재로 글을 쓰도록 하기) 소재만 주고 글쓰기

미투데이 페이지를 열어놓고 있으면 뜨는 팝업창    

월요일    * Ice Breaking 0.5h : 팀워크를 기른다 (dramatherapy의 기법들을 쓸 예정)  * Ground Rule Setting 0.5h : 워크샵 기간 동안 우리가 지켜야할 기본 규칙을 정한다  * 소프트웨어 개발 개론 1h : 소프트웨어 개발이란 무엇이고 어떤 일들이 있나, 무엇이 중요한가  * Pair Programming 1.5h : 짝 프로그래밍을 잘 하는 방법 실습  * 프로젝트 회고 1h : 실제 지난 1년간 프로젝트 진행에 대한 회고 진

2008년 4월 18~19일까지 이화여대에서 제3회 이화여대 생물정보학 교육 워크샵이 열렸다.   Workshop Linke Site   강의 내용   기억나는 내용을 위주로 정리해 본다.   1. Omics Biology and Bioinformatics : 주로 Genomics 연구에 필요한 여러 강의자료가 있는 싸이트를 많이 소개했다. * 강의 싸이트 a. Current Topics in Genome Analysis  - 1년 반마다 진행되는 genomics와 bioinforma

  정규분포(normal distribution) - 가우스 분포   정규분포는 우리가 측정하려는 참값 근처에서 측정값이 나올 확률이 높고 참값에서 멀리 떨어진 곳에서 측정값이 나올 확률은 적을 것이라는 매우 상식적인 판단에서 만들어진 확률 모형이다.   다음으로 대부분의 연속형 자료에서 정규성을 가정하고 자료를 분석하게 되지만 정규성 가정이 타당한지를 검토할 필요가 있다. 일변량 정규성 검정에 가장 널리 쓰이는 정규확률도를 살펴보자. 그림에서 정규성을 검토하는 방법은 각 케이스의 점이 직선에 가까우면 정규

  분류분석(classification analysis)이란 새로운 표본을 미리 정해진 특정 그룹으로 분류하는 분석이다. 6장의 군집분석에서는 그룹에 대한 아무런 정보 없이 비슷한 발현 형태를 보이는 유전자나 표본끼리 그룹을 만드는 작업을 하였다. 분류분석은 수집된 자료에 유전자 자료 및 그룹에 대한 정보를 함께 가지고 있는 경우에 적용할 수 있는 방법이다. 이 장에서는 분류분석에 널리 쓰이는 기법들을 중심으로 살펴볼 것이다.   7.1 서론    분류분석의 절차는 먼저 자료행렬과 반응변수로부터 사

  마이크로어레이 자료에서의 군집분석은 기본적으로 비슷한 정보나 발현 형태를 갖는 유전자들이나 표본을 함께 묶어나가는 과정이다. 예를 들어, 표본에 대하여 군집분석을 하는 경우를 생각해보자. 만일 정상세포나 암세포와 같이 그 표본의 특성을 미리 알고 있는 경우에는 가능하면 같은 특성을 갖고 있는 표본들끼리 함께 군집으로 묶는 것이 바람직할 것이다. 같은 군집내에 속한 표본들끼리의 유사성(similarity)은 높고 서로 다른 군집 간에 속하는 표본들끼리는 유사성이 작게 한다. 다음으로 유전자에 대하여 군집분석을 하는 경우를

  이 장에서는 두 개 이상의 처리 그룹 간에 서로 다르게 발현된 유의한 유전자를 탐색하는 방법을 소개한다. 기존의 생물학 자료들과는 달리 마이크로어레이 실험에서는 다양한 형태의 대량의 자료가 동시에 생산되기 때문에 이를 분석하기 위해서는 새로운 통계적 방법론의 개발이 필요하게 되었다. 이 장에서는 여러 처리 그룹을 비교하여 그룹 간에 서로 다르게 발현된 유전자를 찾기 위한 유전자 탐색 방법을 소개한다.   5.1 단일 슬라이드(Single-Slide)에서의 유의한 유전자 탐색   2배 판정법은  

표준화란 자료에 포함된 오차들 중 생물학적인 요인 이외에 다른 체계적인 요인으로 인해 발생되는 편의를 제거하는 과정이다. 마이크로어레이 자료는 실험자의 숙련도와 실험설정에 따라 오차를 많이 줄일 수 있으나 실험 단위에서 발생하는 체계적인 편의(systematic bias)가 관측되는 경우를 흔히 볼 수 있다. 이와 같이 필요한 정보 자체를 외곡시키는 체계적인 편의는 연구결과에 큰 영향을 끼치게 된다.   4.1 표준화의 필요성   DNA 마이크로어레이 자료는 매우 많은 양의 표본을 대상으로 동시에 실시하는 실험(hi

  실험계획이란 실험을 어떻게 계획할 것인지를 연구하는 것으로, 해결하고자 하는 문제에 대하여 실험을 어떻게 행하고, 자료를 어떻게 수집하며, 어떠한 통계적 방법으로 데이터를 분석하면 최소의 실험회수에서 최대의 정보를 얻을 수 있는가를 계획하는 것이라 할 수 있다. 이 장에서는 일반적으로 실험을 디자인할 때 유념해야하는 기본 개념과 원리 등을 살펴보며, 마이크로어레이 실험에서의 여러 실험계획을 제시하고 실제 문제들에서 어떻게 사용할 수 있는지 살펴 보고자 한다.   3.1 소개   실험은 실험대상에 대하여

    영상 처리(image processing)란 인간의 해석을 용이하게 하기 위해서 화상 자료를 자동적으로 처리하는 일련의 과정을 말한다.  영상 처리 과정에서 영상 내의 특징을 찾아내는 것을 이미지 분석(영상 분석, image analysis)이라고 하며, 마이크로어레이 실험에서는 스팟(spot)의 위치를 찾아내고 그 스팟의 정보를 얻어내는 과정을 통칭한다.  cDNA 칩 실험에서의 이미지 분석은 크게 격자화(gridding), 세분화(segmentation) 및 자료 추출(data extra

  서울대학교 통계학과 생물정보통계연구실 자유아카데미    

      PINY 캠프 회고   I. 첫째날 체력적으로 무척 힘들었다. 생각보다 참가자들이 적극적이지 않았다. 스텝이 미리 경험을 했었지만, 스텝들은 참가자들보다 매우 적극적이었다. (눈높이와 이해의 부족) 아이들의 시각에 관한 이해부족. 멘토들이 무척 적극적이었다. (끊임없이 격려하고 독려하였음.) 회고를 적절히 하였고, 스텝의 의견 수렴을 적극적으로 하였다. 인터넷 환경이 잘 갖추어져 있었다. 식사가 좋았다. 숙소가 넓고 깨끗했다.   II. 둘째날 잠을 자고나니 체력이

    PINY 캠프 준비 - 마지막날 I. 모임 저녁 8시쯤 대방동 여성프라자 5층에 모였다. (20분정도 지각 =_='') 일본에서 아베상과 요코카와상(코우보)이 오셨고, 미디어 아트를 맏으신 승준님과 빗자루님이 참석하셨다. OLPC를 눈앞에서 직접 보게 되었다. (우왕ㅋ굳ㅋ ^ ^) 여러가지 행사준비에 관한 이야기를 하고 있었는데, 숙소에 관한 책임을 맞고계신 관리자분께서 우리에게 내일 사용하게 될 3층의 다목적실을 사용하도록 해 주셨다. II. 다목적실에서의 작업 다목적실로 이동해서, 짧게나마 내일

    PINY Staff 모임 - 마지막날 자신의 조를 찾는 방법 모임 장소에 와서 등록을 하고 이름표를 받게되면, 뒷편에 특정 애니메이션의 캐릭터 이름이 쓰여있다. 안으로 들어가면 총 5개의 테이블이 있는데, 다른 참가자들과 이야기를 해서 자신의 캐릭터와 공통점이 있는 참가자를 찾아서 앉는다. 참가자 모두 자리를 찾게되면, 멘토는 자신이 속해있는 참가자들에게 간다. 등록을 할때 참가자에게 설명해 주어야 한다.   게임체험장터 장터 두군데는 모임장소가 아니라 다른 곳에 설치된다. 게임체험을 하

    스퀵 eToy 게임 분석2 <FishAndPlankton>   I. 서론   FishAndPlankton은 eToy를 가지고 어항(Aquarium) 안에서 실제 일어날 수 있는 현상을 비슷하게 구현한 것이다. (정말 세세한 것까지 구체적으로 만든 것에 감탄했다. ㄷㄷㄷ). 즉, 물고기의 생물학적인 특성(헤엄치고, 나이를 먹고, 배고픔을 느끼고, 먹이를 잡아먹고, 새끼를 낳고, 죽는다.)과 그 먹이의 특성(물고기가 배고픔을 느낄때 잡아 먹히고, 먹이가 부족하면 어항에

    스퀵 eToy 게임 분석1 <ODECo에 관한 내용>   I. 서론 ODECo는 일정한 공간(ODECo Field) 안에서 여러가지 물체(Ball, Bar 등)가 중력의 법칙에 의해서 동작하는 것을 수행해 볼 수 있다. 또, 다른 물체들간의 물리적인 변화(충돌에 의한 움직임의 변화에 있어서 각 물체의 기존 속도나 운동에너지등이 고려)들도 관찰이 가능하다. 스퀵 eToy를 실행시켰을 때 맨아래 부품탭 안의 오브젝트 목록을 꺼내서 ODE를 클릭하면 ODECo에서 사용하는 오브젝트를 볼

<분석내용>  1. 맨 왼쪽에 있는 Parts Bin의 재료들은 각각 고유한 동작을 실행한다.    (각 재료들의 할로메뉴에서 뷰어를 클릭 -> 동작스크립트를 꺼내서 확인)  2. 기본적이 동작은 시작과 동시에 Off 그래픽에서 On 그래픽으로 그래픽이     바뀌고, 다른 재료들과 접하게 되는 부분의 색깔이 변경되기 때문에     다른 재료는 테스트의 색깔을 만나서 스크립트가 실행되고, 역시 On 그래픽으로  &nbs

    상상캠프 (토, 일요일) I. 고요한 아침 (오전 7시부터 ~ 9시) 전날 게임회의를 했던 곳에서 진행되며, 맨 앞쪽 스크린에 지연님이 만드신 사진기록 슬라이드쇼가 보여지고 각 Staff들이 마련한 아이템별로 진행된다. 비공식적인 행사이며, 9시전까지는 잠을 자도 된다. (Staff은 몇시까지???) Picxenk님과 닥군님은 핸드드립커피를 만들어서 제공할 예정이고, PyO님은 힙합에 관련된 이야기와 공연(?)을 하실 예정임. 시간이 아침이고 정신이 몽롱한 상태인 점을 고려했을 때, 차분하게 서로 차를

    PINY Staff 모임 - 첫째날   I. 긍정적 자기소개 설득력 있다. 주변사람을 잘 챙겨준다. 목소리가 좋다. 엘런케이처럼 다양한 분야에 관심이 많은 것 같다. 나이 어린 사람에게 맨토로서의 역할을 잘 해줄 것 같다. 친근감있다. 주변사람들에게 도움을 줄 것 같다. 남의 이야기를 잘 듣는다. 도전의식이 강하다. 적극적이다. 똑똑한 것 같다. 연구하는 일을 잘 할 것 같다. 시간관리를 잘 할 것 같다. 권위주의적이지 않다. 친절하고 사람을 편하게 하는 것 같아요. 너그러우신 분인것 같습니다

Prevention of upper limb symptoms and signs of nerve allictions in computer operators - the effect of intervention by stretching 출처 : Journal of occupational medicine and toxicology 2008, 3:1 원문자료   방법 Stretching 1: "Keep your arms along the front of the body with extended elbows. Fold your han

200년 기년회 내용   창의력은 어디서 오는가 - 김경수    "There is no starting or stopping - only doing." -- Peaceful Warrior (영화, 소설)    3 'A's Pattern - Assumption(가정) --> Action(실행) --> Assess(평가) 이룰수 없는 꿈 - 김창준    "The Nature of Order"    결국 중요한 것은 "삶과 일의 균형" TRIZ -

 Structure MicroPaper에서는 다음과 같은 간단한 규칙을 지킨다. 하나의 아이디어에 대해서 한 장의 논문으로 작성한다. 한장 이상으로 설명할 욕심이 생길 때에는 아이디어를 더 작게 나누거나 MicroPaper가 아닌 논문을 작성한다. 논문의 형식과 작성 과정 등을 지키도록 노력한다. 이 논문은 ACM의 제안을 따르고 LATEX로 작성되었다. Title Author Abstract Paper Categories Keyword Introduction Body Conclusion Reference

 Title   Abstract   Keywords   Introduction   Methods   Results (Tables and Figures)   Discussion   References